Thomas Muller realizoi dy gola në debutimin e Gjermanisë në kualifikueset e Botërorit 2018, me “panzerat” që fituan 3-0 përballë Norvegjisë. Gjithsesi, trajneri Joachim Low e kritikoi në mënyrën e tij sulmuesin e Bayern Munchen, që nuk arriti të shënonte në finalet e Euro 2016. “Luajtëm me besim në forcat tona. Norvegjia nuk arriti të hynte asnjëherë në lojë dhe nuk krijoi asnjë rast për shënim. Për Thomas Muller do të preferoja që të kishte shënuar disa gola në Kampionatin Europian. Gjatë turneut në Francë, ai krijoi volum të madh pune, pati mjaft raste për shënim, e megjithatë nuk arriti të realizonte. Natyrisht që duhet të përmirësohemi në disa aspekte. Përshembull, përballë Francës në gjysmëfinalet e Euro 2016, u penalizuam nga efiçenca përpara portës”, u shpreh Low.
Edhe pse cilësohet si një prej pikave më të forta të sulmit dhe realizoi 5 gola në triumfin e skuadrës në Botërorin 2014, Muller e mbylli evenimentin në Francë pa gjetur rrugën e rrjetës, ndërsa shpërdoroi edhe një 11-metërsh në ekzekutimin e penalltive në çerekfinale ndaj Italisë, ndërsa Gjermania nuk shkoi më tepër se gjysmëfinalet në Kampionatin Europian.
Gjermania e nisi në mënyrën më të mirë të mundshme fushatën kualifikuese të Botërorit Rusi 2018. Me një Thomas Muller në superformë, kombëtarja e pancerave bëri ligjin në “Ulevaal Stadion” të Oslos, duke fituar me rezultatin 3-0 ndaj Norvegjisë vendase. Sulmuesi i Bayernit realizoi një dygolësh në këtë ndeshje, ndërkohë që për të kompletuar mbrëmjen e tij magjike Muller mori edhe petkun e njeriut asist, në golin e dytë të realizuar nga Joshua Kimich. Ishte një Gjermani shumë kërkuese që në fillim ajo që zbriti në fushë ndaj Norvegjisë.
Në të 16-ën Muller zhbllokoi shifrat, duke përfituar nga një moment jo i mbrojtes vendase. Në fundin e pjesë kishte festë edhe për Joshua Kimmich. Talenti 21-vjeçar me një goditje të bukur nga brenda zonës realizoi golin e tij të parë me fanellën e Die Manschaft. Një gol i gjithi bavarez me Muller-in që pasoi në mënyrë perfekte për Kimmich, i cili nuk e fali portierin e përfaqësueses nordike Jarstein. Për të hipotekuar suksesin e Gjermanisë mendoi sërish Thomas Muller që në minutën e 60-të realizoi sërish pas një topi të marrë nga Khedira për t’i çuar shifrat në 0-3. Pas këtij suksesi, Gjermania u ngjit menjëherë në krye të grupit C kualifikues, duke lënë pas Azerbajxhanin, por edhe Republikën çeke dhe Irlandën e Veriut, që u ndanë në një barazim 0-0 mes tyre.