Mënyra e organizimit dhe funksionimit të Prokurorisë, duhet të garantojë njëkohësisht pavarësinë dhe përgjegjshmërinë e tij, për të patur një hetim dhe ndjekje penale efektive dhe që i përgjigjet interesit publik. Garanci për të respektuar parimin e mësipërm japin Opinioni i Ndërmjetëm dhe Final i Komisionit të Venecias, si dhe standardet e gjithpranuara ndërkombëtare. Të gjitha palët politike kanë shprehur besimin se është Komisioni i Venecias autoriteti që garanton se Shqipëria po shkon drejt një reforme efikase dhe të duhur në sistemin e drejtësisë. Madje palët politike kanë shprehur edhe besimin se janë standardet e Komisionit të Venecias rruga e vetme për një reformë tërësore dhe të thellë në sistemin e drejtësisë. Për këtë arsye, respektimi i plotë i dispozitave të Kushtetutës dhe opinioneve të Komisionit të Venecias, si organizmi i vetëm kompetent dhe garant për ruajtjen e standardeve ndërkombëtare të organizimit të sistemit të drejtësisë, është më shumë se kurrë e rëndësishme.
Përsa i përket kompetencave të prokurorit të Përgjithshëm dhe rolit të tij (Kreu IV dhe VI të projektligjit), konstatojmë se PP është shndërruar vetëm një funksion që mbledh statistika, i paaftë të ndikojë në rritjen e performancës së Prokurorisë si sistem. E drejta e kontrollit për korrektësinë e zbatimit të udhëzimeve të tij, nuk i njihet atij, por Inspektorit të Lartë të Drejtësisë (ILD). Ndërkohë, në Kushtetutë, ILD është konfiguruar vetëm si instrumenti për procedimin disiplinor të prokurorëve dhe jo për vlerësimin e performancës. Në këtë mënyrë, kompetencat e PP të parashikuara në ligj janë të rrudhura, krahasuar me atë ҁka parashikon Kushtetuta. PP nuk i njihet e drejta e kontrollit të performancës ndaj prokurorëve në ushtrimin e detyrës së tyre. Kjo përbën rrezikun më të madh të modelit të organizimit të Prokurorisë, teksa, krahas njohjes së një pavarësie me të madhe prokurorëve të thjeshtë, nuk njihet kontrolli i performancës së tyre. Ndërkohë që PP, është organi i cili mban përgjegjësi për performancën e sistemit të Prokurorisë para Kuvendit.
Ky parashikim rrezikon që gjithë sistemi i Prokurorisë të shndërrohet në një organ që ushtron pushtet (të ndjekjes penale) jashtë kontrollit. Kontrolli hierarkik, i natyrës ex post i veprimtarisë së ҁdo prokurori është domosdoshmëri në mënyrë që sistemi i Prokurorisë të operojë si një i tërë dhe që mbron sistemin e Prokurorisë nga influencat politike dhe korruptive.
Nga ana tjetër, PP është zhveshur edhe nga kompetencat e thjeshta administrativo-burokratike duke ia kaluar ato Këshillit të Lartë të Prokurorisë dhe disa edhe Mbledhjes së Prokurorëve, të cilat rrezikojnë të asfiksojnë komponentin e menaxhimit administrativ të Prokurorisë. Një organizim i tillë, krijon situata kaotike në administrim dhe humbje të përgjegjësisë.
