Studimet fillore i kreu në Gjirokastër. Më pas kreu shkollën e mesme në Klagenfurt dhe pasi braktisi Fakultetin e Mjekësisë në Romë, u regjistrua në Fakultetin e Filologjisë në Universitetin e Gracit, e më pas në Universitetin e Vjenës, në Austri, ku dhe përfundoi studimet. Pas mbarimit me sukses të studimeve universitare 25 – vjeçari Eqrem Çabej u kthye përfundimisht në Shqipëri, me diplomën e Universitetit të Vjenës në xhep dhe me dëshirën e zjarrtë për t´i vënë dituritë dhe energjitë e tij në shërbim të Atdheut. Por pasi kreu gjimnazin në Klagenfurt (1923-1926), për shkollimin e lartë pati një fërkim me synimin që i ati i kishte vënë që të bëhej mjek.
U regjistrua në Fakultetin e Mjekësisë në Universitetin e Romës. Por pas këmbënguljes për gjuhësinë, regjistrohet në Grac për vitin akademik 1927-1928 dhe mbasandaj kaloi në Vjenë (1930-1933), ku ndoqi mësimet e Paul Kretschmer, Karl Patsch, Nikolai Trubetzkoy dhe Norbert Jokl. Nën drejtimin e Joklit, Çabeji filloi të kishte interes të madh në zhvillimin historik të gjuhës shqipe. Në 1933, ai dorëzoi disertacionin e doktoraturës mbi “Italoalbanische Studien” (“Studime italoshqiptare”). Çabej u kthye në Shqipëri ku edhe punoi si mësues gjimnazi dhe nëndrejtor i konviktit “Malet Tona” në Shkodër (1933/34) ku dha letërsi shqipe. Në vitin shkollor 1935-’36 u transferua në Normalen e Elbasanit, ku edhe atje ndenji një vit. Që andej u transferua në Ministrinë e Arsimit për t´u marrë me drejtimin e arsimit të mesëm.
Me sa kuptohet nga qëndrimi i tij, ai nuk e kishte mirëpritur një emërim të tillë. Me një lutje më datë 17. 12. 1936, drejtuar Ministrisë së Arsimit, për arsye shëndetësore kërkoi të transferohej duke u riemëruar profesor i letërsisë në liceun e Tiranës. Kërkesa nuk i plotësohet, duke e emëruar në Shkollën e Plotësimit Ushtarak. Me “çështjen Çabej” u mor më në fund edhe Këshilli i Ministrave të asaj kohe, i cili vendosi që Çabej, pas mbarimit të Shkollës së Plotësimit Ushtarak, të transferohej si profesor në Gjirokastër. Më 1938-’39 vijoi si arsimtar në Gjirokastër, ku vazhdoi të jepte mësimin e letërsisë të bashkërenduar me elemente të gjuhës shqipe. Në vitin shkollor 1939-’40 Çabej u transferua në gjimnazin e Tiranës ku u ngarkua me drejtimin e shkollës.
Anëtar i Institutit të Studimeve Shqiptare, më 1940 u dërgua në Romë nga min. i Arsimit Koliqi për të punuar mbi Atlasin Gjuhësor Shqiptar, i cili nuk u krye për arsye të ndryshimeve politike përgjatë Luftës së Dytë Botërore. Në shtator të 1943 u emëruar min. i Arsimit në qeverinë Mitrovica, post të cilin nuk e pranoi. Më 25 janar 1944 i pushkatohet vëllai, Selaudini, nënprefekt i Malësisë së Gjakovës. Në Shqipëri u kthye vetëm pas korrikut 1944. Në 1947, ai u caktua anëtar i Institutit të Shkencave, instituti paraardhës i Universitetit të Tiranës. Nga 1952 deri më 1957, ai shërbeu si profesor i historisë së Shqipërisë dhe fonetikës historike.
Në 1972, ai u bë anëtar themelues i Akademisë së Shkencave. Eqrem Çabej u specializua në gjuhësinë krahasuese indo-evropiane. Veprimtarinë shkencore e shtjelloi në gjuhësi, por edhe jashtë saj, në folklor, etnografi dhe histori të letërsisë. Vend zënë studimet etimologjike dhe leksikologjike historike, dialektologjia e onomastikës si edhe kodifikimi i gjuhës letrare. Çabej ka dhënë një ndihmë të çmuar me një varg sqarimesh etimologjike gjatë hartimit të Fjalorit të gjuhës shqipe të botuar në Tiranë më 1980. Më 1951 shkroi “Sonetet”, një libërth kushtuar së shoqes, Shyhrete Turkeshit, që e kishte njohur pranverën e 1949 e porsadalur nga burgu dhe punonte në Bibliotekën Kombëtare. U botuan për herë të parë me rastin e 100-vjetorit të lindjes më 2008 nga shtëpia botuese Çabej, drejtuar nga e bija, Brikena. Ai ndërroi jetë pak ditë pas ditëlindjes së tij të shtatëdhjetë e dytë, më 13 gusht të vitit 1980, në një klinikë të Romës.
