Shpërndarja e Fondit të Zhvillimit të Rajoneve sipas qarqeve paraqet një disproporcion të nivelit të fondeve të shpërndara. Kontrolli i Lartë i Shtetit gjatë një auditimi në Fondin e Zhvillimit të Rajoneve vërejti se në nivel të përgjithshëm shpërndarja sipas rajoneve më 2015 reflekton një disnivel shpërndarjeje prej 60%, por ky disnivel është i ndryshëm brenda programeve të veçanta.
Kështu në programin “Shqipëria dixhitale” disniveli midis qarqeve që kanë përfituar nga ky fond rezulton më i larti prej 91%, në programin “Infrastruktura vendore dhe rajonale” rezulton një disnivel prej 27%, për programin “Arsimi” ka një disnivel prej 21%, për programin “Ujësjellës-Kanalizime” ka një disnivel ndërmjet qarkut që ka përfituar më shumë dhe atij më pak prej 60%.
Konstatohet se fondet e alokuara në pushtetin qendror kundrejt atij vendor kanë një diferencë prej 6% në favor të pushtetit qendror, ndërkohë që qëllimi i këtij fondi i referohet zhvillimit rajonal dhe vendor.
Gjatë auditimit u konstatua se në përgatitjen e buxhetit vendor në kuadrin makroekonomik 2015-2017 nuk është planifikuar vlera e Fondit të Zhvillimit të Rajoneve duke e nxjerrë atë nga regjimi i PBA dhe parashikimi për periudhën 3-vjeçare në kundërshtim me udhëzimin Nr. 8, datë 29.03.2012 “Për procedurat standarde të përgatitjes së programit buxhetor afatmesëm”, si dhe në planifikimin vjetor.
KLSH vëren se përfshirja e fondeve të programit “Shqipëria dixhitale” në vlerën 1,958 milionë lekë dhe e programit “Infrastruktura vendore dhe rajonale” me vlerë 2,288 milionë lekë, në planifikimin e pushtetit vendor kur ato shpërndahen për pushtetin qendror dhe menaxhohen prej tij përbën një deformim jo të natyrshëm të treguesve të pushtetit vendor rritur fiktivisht me vlerë 4,246 milionë lekë.
Fondi i Zhvillimit të Rajoneve në Buxhetin e Konsoliduar është pjesë e shpenzimeve kapitale të pushtetit vendor të çelura në vlerën 10,175 milionë lekë, që në tabelën e treguesve fiskalë është pjesë e shpenzimeve korrente të buxhetit të shtetit, ndërkohë që ai nuk përbën shpenzim korrent, por është një fond investimesh për projekte, si dhe emërtohet “Fondi i Zhvillimit të Infrastrukturës Vendore”, ndërkohë që nuk është një fond i përdorur vetëm për infrastrukturën vendore, por dhe fond për programin “Shqipëria dixhitale”.