Presidenti i KE-së Juncker, brenda një dite, emëroi dhe më pas ngriti në detyrë në mënyrë të beftë, ndihmësin kryesor të tij Martin Selmayr — vendim i cili ka ngjallur dyshime për nepotizëm dhe korrupsion. Presidenti Juncker në mëngjesin e 1 marsit e emëroi Selmayr, Zëvendës Sekretar të Përgjithshëm të KE-së dhe në darkë e ngriti në detyrë duke e emëruar Sekretar të Përgjithshëm. Juncker e bëri fakt të kryer emërimin e Selmayr në këtë post përpara KE-së, menjëhere pas dorëheqjes së ish-Sekretarit të Përgjithshëm, hollandezit Italianer. Një burim për AFP-në shprehet se vetëm dy prej anëtarëve të KE-së ishin në dijeni të këtij vendimi, duke e cilësuar atë si emërim politik. Komiteti i kontrollit të buxhetit pranë Komisionit Evropian ka kërkuar sqarime nga punonjësit e KE-së për këtë emërimin të beftë të ndihmësit kryesor të Presidentit të Komisionit Evropian Juncker, në postin e Sekretarit të Përgjithshëm të KE-së. Gjithashtu edhe Avokati i Popullit i BE-së lajmëroi se ka nisur hetimet për këtë vendim duke u bazuar në dy ankesat e regjistruara pranë zyrës së tij. Vendimi i Presidentit Juncker u kundërshtua hapur dhe nga europarlamentarët. Nigel Farage, drejtuesi i fushatës Brexit dhe kundërshtues i fortë i BE-së e akuzoi Junckerin për nepotizëm.
Eurokomisioneret e tjerë e akuzuan atë për mungesë transparence. Ndërsa Hungaria e kritikoi KE-në për dobësim të demokracisë e balancës, si dhe për përdorimin e standardeve të dyfishta. Partitë e bllokut të gjelbërt (partitë mjedisore dhe të majta të vendeve anëtare të BE-së) në Parlamentin Evropian u shprehën se nuk do të miratojnë buxhetin e KE-së deri sa të zgjidhet kjo çështje. Ndërsa partitë liberale kërkuan anullimin e vendimit për emërimin e Selmayr në postin e Sekretarit të Përgjithshëm. Emërimi i dyshimtë i Selmayr mund të paralizojë reformat në BE, të cilat janë planifikuar të ndërmerren pas daljes së Britanisë nga blloku. Por, analistët shpehen se çdo lëvizje për të hequr Selmayr nga ky post do të bllokohet nga Partia Europiane Popullore, grupi i qendrës së djathtë si dhe grupi europarlamentar më i madh, ku bëjnë pjesë Presidenti Juncker dhe Kancelarja gjermane Merkel.
